石溪大学医院（SBUH），前身为石溪大学医学中心，是石溪大学的大学医院。它位于纽约州石溪的东校区，是长岛最大的学术医疗中心。石溪大学医院拥有603张病床护理床位，是Stony Brook心脏研究所，Stony Brook癌症中心，Stony Brook儿童医院，Stony Brook神经科学研究所和Stony Brook消化系统疾病研究所的所在地 。同时该医院也是长岛唯一的三级医疗保健和1级创伤中心。被U.S.News《美国新闻和世界报道》评为纽约第20名和纽约大都会区第21名。石溪大学医院还是长岛萨福克郡唯一的4级区域围产中心、国家指定的艾滋病中心、国家指定的综合精神病急救计划、国家指定的烧伤中心、Christopher Pendergast ALS卓越中心、和肾移植中心。

石溪大学医院是美国第一个小儿多发性硬化症中心的所在地。石溪大学医院的心脏中心、癌症中心、和脑血管中心通过杰出的诊断手法和现金的治疗设施吸引了长岛整个地区的患者。是长岛第一个肾脏移植计划的所在地，该计划已经进行了1000多例移植手术，并启动了全国首个儿科多发性硬化症中心。该医院还是创伤、围产期和新生儿重症监护、烧伤、骨髓和干细胞移植、囊性纤维化、儿科和成人艾滋病的区域转诊中心，也是应急管理的区域资源中心。